Deux Moas, oiseaux d'environ 3 m de haut, chassés par l'aigle de Haast, rapace d'environ 3 m d'envergure : la disparition de ces deux espèces a des causes humaines
L'évolution se produit à une échelle trop lente pour être clairement perçue par les humains, mais on note une diminution certaine du nombre d'espèces, mais surtout du nombre d'individus au sein de nombreuses espèces. Ainsi 12 % des espèces étaient au début du XXIe siècle reconnues en danger par l'UICN. Les causes de disparition sont
la disparition et/ou la fragmentation de leurs habitats[136],
la chasse (pour certaines espèces) : L'homme, par sa prédation directe, est la cause de la disparition de plusieurs espèces d'oiseaux comme le Moa ou le Dronte,
l'empoisonnement ou un affaiblissement immunitaire par les pesticides et d'autres polluants. Beaucoup d'oiseaux qui se trouvent au sommet de la pyramide alimentaire sont à ce titre victimes de la pollution en concentrant les polluants.
Certaines espèces connaissent une augmentation plus ou moins insoupçonnée de l'hybridation ; Certaines espèces proches, voyant leur habitat se morceler, se croisent en produisant même des hybrides stériles en quantité si importante que cela peut mettre ces espèces en péril. Par exemple, les nombreux oiseaux-mouches hybrides trouvés dans le nord ouest de l'Amérique du Sud peuvent représenter une menace pour la conservation de ces espèces en espèces distinctes.
Certaines espèces rares font l'objet d'un trafic (les perroquets par exemple).
La perte de capital génétique est un des problèmes pour le long terme, qui concerne aussi et plus encore les oiseaux domestiqués et d'élevages (poules, canards, oies en particulier, suite à la production industrielle de poussins de un jour à partir de reproducteurs sélectionnés). Le CNRS estimait en 2005 que 50% des races domestiques sont en voie de disparition[137].
La diffusion de zoonoses, à cause des modalités d'élevages industriels et de transport, est également une menace, les élevages constituant des réserves potentielles de maladie ou des foyers sensibles d'incubations infectieuses
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